マスター・アジアを倒したことにより、第13回大会ガンダムファイトの優勝者はドモン・カッシュに決まった。しかし、「地球を破壊し、その上で成り立つ勝利には価値がない」というマスターの言葉がドモンの胸に重くのしかかっていた。ドモンはレインを探すが、アレンビーから「ドモンには二度と会わない」と去って行ったと聞く。
デビルガンダムを完全消滅させるために、父とコロニーに向かったレインは、ウォンが残したデビルガンダムの研究書類から、もっとも完全な生体ユニットが女性であることを知ったウルベ少佐によって、デビルガンダムに組み込まれてしまっていた。
生体ユニットを得て、復活したデビルガンダムは新たなる力を求め、ネオジャパンに寄生し、周辺のコロニーまでをも吸収して成長を続けていた。ドモンはレイン救出に向かうが、成長したデビルガンダムの前ではゴッドガンダムも太刀打ちできない。瀕死状態のミカムラ博士は、最後の力を振り絞り、冷凍刑にされているドモンの父カッシュ博士を冷凍睡眠カプセルごと宇宙へ逃がす。
ミカムラ博士が開けた非常口を突破口として、ドモンたちはデビルコロニーと化したデビルガンダム内部へ乗り込み、ウルベとレインのいるデビルガンダムの中枢を目指す。
ついに地球まで手を伸ばしてきたデビルガンダム。
地球からは、かつてドモンたちと戦ったガンダムファイターたちが国を越えたガンダム連合として出撃し、シャッフル同盟の援護に回っていた。
デビルガンダムの内部に侵入したドモンたちは罠に苦戦する。その時、ミカムラ博士により救出され、ナスターシャの戦艦に保護されたカッシュ博士が復活し、弱点は動力炉であることが判明。しかし、そこにはウルベが操縦するデビルガンダム四天王が合体したグランドマスターガンダムが待ち受けていた。
再生しつづけるデビルガンダム動力部を前に苦戦しながらも立ち向かっていくシャッフル同盟。各国のガンダムファイターたちも協力し、地球侵略を阻止していた。ドモンはカッシュ博士の誘導でデビルガンダムの中枢に辿り着きレインを発見する。しかし、レインは父の犯した罪の意識にとらわれ、ドモンに会うことを拒み続ける。レインの心の壁がデビルガンダムとして実体化し、近づくゴッドガンダムに攻撃を仕掛ける。
